Tahun 1975, PGA Negeri Ambon yang pada waktu itu berlokasi di  Desa Batu Merah,  Kota Madya Ambon, dipindahkan ke lokasi baru di Tulehu Kecamatan Salahatu, Kabupaten Maluku Tengah sehingga  Kota Ambon praktis tidak lagi memiliki lembaga pendidikan tingkat menengah yang berciri-khas Islam. Pada saat itu, PGA  Negeri Ambon dipimpn oleh Drs. Abdurrahman Umarella.

Pada tahun yang sama, sebuah PGA Swasta didirikan di Desa Batu Merah, Kota Madya Ambon, yang dipimpin oleh Drs. Usman Rumbia. Setelah beroperasi kurang lebih lima tahun, tepatnya pada tahun 1985, lembaga ini beralih status menjadi Madrasah Aliyah Swasta, dan lembaga inilah yang di kelak kemudian hari menjadi embrio MA Negeri 1 Ambon.

Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI, H. Munawir Sadzali,  Nomor 137  Tanggal 11 Juli 1991,  MA Swasta tersebut berubah status menjadi MA Negeri 1 Ambon dan diresmikan pada 17 Pebruari 1992 berlokasi di Jl. Kesatrian no. 1 Batu Merah, Kotamadya Ambon yang pada saat sekarang menjadi lokasi MI Negeri Ambon.

Tahun 1998, MA Negeri 1 Ambon yang semula berada di Jl. Kesatrian dipindahkan ke lokasi baru di Jl. Kembang Buton Nomor 1, Kampung Wara, Air Kuning, Ambon. Awal 1995, setelah Drs. Usman Rumbia wafat, madrasah dipimpin oleh Pjs. Bahtiar Udjir, kemudian pada 1995 secara definitif pucuk pimpinan diserahkan kepada Drs. Umar Masuku. Tahun 2002, dilanjutkan oleh Drs. Muhammad Shodik hingga tahun 2013 pimpinan MA Negeri 1 Ambon diserah-terimakan kepada pejabat baru, Drs. Sirajudin Mahubessy, M.MP.d, mantan kepala MA Negeri 2 Ambon di Tulehu.

MA Negeri 1 Ambon atau MAN 1 Ambon adalah satu-satunya sekolah berciri Islami  di Kota Ambon yang berstatus negeri. Semula madrasah ini disiapkan menjadi MA Keterampilan dengan konsentrasi bidang Teknologi Pengolahan Hasil Pertanian, Reparasi Komputer, dan Menjahit. Pilot Project MA Keterampilan ini berlangsung selama hampir lima tahun dengan dukungan dana operasional dari Islamic Development Bank. Program ini gagal karena tidak didukung dengan keberadaan Tenaga Instruktur Bidang Teknis Vokasional yang dibutuhkan, disamping pilihan program yang tidak didasarkan atas kajian yang cermat dan disesuaikan dengan kebutuhan dan kesiapan daerah, kemudian diperparah lagi dengan eskalasi konflik yang pecah berlarut-larut terutama di Kota Ambon dan di hampir sebagian besar wilayah Maluku.

Mulai 2003, Manajemen MA Negeri 1 Ambon melakukan reorintasi seluruh program keterampilan setelah tidak ada lagi bantuan dana operasional keterampilan Pemerintah Pusat. Melalui Visi  Unggul dalam Prestasi, Terpuji dalam Perilaku, Siap Berkarya di Masyarakat, program vokasional yang selama ini dilaksanakan mengalami penyesuaian-penyesuaian seperlunya.

Meskipun MA Negeri 1 Ambon bukan lagi MA Keterampilan namun ciri kegiatan vokasional tetap dijadikan basis pengelolaan sekolah melalui Program Pendidikan Kecakapan Hidup (Life Skill Education). Dengan bekal pengetahuan umum, ilmu agama serta bekal keterampilan khusus yang memadai diharapkan setiap  lulusan MA Negeri 1 Ambon dapat menjadi warga negara yang cerdas, agamis, dan produkif. Sebagaimana Ketetapan Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Maluku pada Tahun 2017 nama MAN 1 Ambon berubah menjadi MAN Ambon (Angka satu /1 dihilangkan), hal ini dikarenakan Lembaga Pendidikan madrasah Aliyah yang berstatus negeri yang terdapat di kota Ambon hanya ada satu lembaga Madrasah saja yaitu MAN Ambon.